Praticamente 10 anos depois, Sebastián Coates voltou a alinhar pelo Nacional de Montevidéu, clube onde foi formado, e, depois de ter chegado ao país-natal diretamente do Sporting, o central de 33 anos entrou com o pé direito ao conquistar um troféu.
Convocado para o duelo do Nacional contra o Peñarol, relativo à final do Torneio Intermédio do campeonato uruguaio, Coates foi suplente utilizado e esteve ligado à vitória dos tricolores sobre o eterno rival no desempate por penáltis (8-7) depois de um empate (1-1) no tempo regulamentar.
Segundo Martin Lasarte, treinador do Nacional, Coates «não foi titular», mas acabou por ser «lançado ao intervalo» e ajudou a sua equipa a «igualar a partida contra o Peñarol». A formação tricolor empatou o clássico já aos 79 minutos, por intermédio de Petit, antes da final do 'Intermédio' ser decidida na marca dos 11 metros.
No desempate por penáltis, foram necessárias 11.ª séries até o clássico ficar decidido. Neste âmbito, Coates teve a oportunidade de dar logo a vitória ao Nacional na oitava ronda do desempate, já na 'morte súbita', só que o central viu a bola embater no poste no seu remate. No final de contas, Coates acabou ainda por festejar, voltando da melhor maneira possível ao Nacional, após oito temporadas ao serviço do Sporting.