De acordo com fontes próximas do clube, o Benfica aproveitou o início da última janela de transferências para garantir a contratação de Marcos Leonardo, deixando para trás clubes como o Arsenal. O diretor desportivo dos gunners, Edu, era um grande admirador do talento do ponta-de-lança brasileiro e chegou mesmo a discutir internamente a possibilidade de avançar para a contratação do jogador. No entanto, acreditava-se que a transferência só seria concretizada no final da temporada.
Os responsáveis do Benfica não perderam tempo e, logo no início de janeiro, fecharam o negócio em poucas horas. Apresentando uma proposta de 18 milhões de euros e reservando 10% da mais-valia ao Santos, o clube lisboeta garantiu a contratação de Marcos Leonardo.
Com a transferência para o Benfica, Marcos Leonardo assinou um contrato válido por cinco anos e meio e ficou protegido por uma cláusula de rescisão de 150 milhões de euros. Mesmo com poucos minutos em campo, o avançado brasileiro já mostrou o seu potencial, marcando três golos em cinco jogos disputados.