Raul Peixoto foi atleta federado nas equipas jovens de andebol e futebol dos azuis e brancos, na década de 60. Após a primeira eleição de Jorge Nuno Pinto da Costa para a presidência do FC Porto, em 1982, Peixoto tornou-se dirigente do clube, liderando o futebol de formação até 1996. Durante esse período, conquistou 28 títulos nacionais.

Ao lado de Reinaldo Teles, Raul Peixoto recebeu o Dragão de Ouro de Dirigente do Ano em 1989. Após essa distinção, integrou o Conselho Superior do FC Porto, foi delegado da Liga Portuguesa de Futebol Profissional e diretor-desportivo do FC Penafiel.

O FC Porto destacou a «sabedoria do Mestre» de Raul Peixoto, que juntava aos ensinamentos de treinadores reputados da formação, utilizando esse conhecimento para descobrir talentos como Fernando Couto, Rui Filipe, Jorge Costa, Jorge Couto ou Sérgio Conceição.