No que diz respeito à Justiça portuguesa, Marques abordou a questão da colaboração de Rui Pinto com autoridades estrangeiras através do Football Leaks. Segundo o diretor de comunicação, Rui Pinto foi impedido pela Justiça portuguesa de ajudar as autoridades francesas, alemãs, belgas, holandesas e espanholas durante cinco anos. Marques criticou essa atitude, ressaltando que a mesma Justiça não foi capaz de estabelecer ligações óbvias entre César Boaventura, Paulo Gonçalves e o Benfica.
Em relação ao árbitro Luís Godinho, Marques acusou-o de não expulsar jogadores do Benfica. O diretor de comunicação do FC Porto mencionou um lance no jogo entre V. Guimarães e Benfica em que Florentino não recebeu o segundo cartão amarelo, e afirmou: 'O senhor Luís Godinho há-de acabar a carreira sem se estrear nos cartões vermelhos a jogadores do Benfica, porque é isso que ele tem feito. O senhor Luís Godinho expulsa jogadores ao ir de costas e chocar com eles, mas jogadores do Benfica, já ficou aqui evidente que não expulsa'. Marques também relembrou outros jogos em que, na sua opinião, o árbitro não agiu corretamente em relação aos jogadores do Benfica.
Estas declarações de Francisco J. Marques revelam a insatisfação do FC Porto com a atuação da Justiça portuguesa e com a arbitragem em jogos envolvendo o Benfica. O diretor de comunicação do clube demonstra acreditar que existem falhas nas decisões tomadas por essas instituições, o que pode gerar controvérsias e debates entre os fãs de futebol em Portugal.
